يجب تنظيف لوحة الطباعة الفلكسوغرافية فور الانتهاء من الطباعة على آلة الطباعة الفلكسوغرافية، وإلا سيجف الحبر على سطحها، مما يصعب إزالته وقد يتسبب في تلفها. بالنسبة للأحبار المذيبة أو أحبار الأشعة فوق البنفسجية، استخدم مذيبًا مخففًا (مثل الكحول) بتركيز مناسب لنوع اللوحة. أما بالنسبة للأحبار المائية، فيمكن تنظيفها بمنظف سائل قلوي أو محلول تنظيف عالي الجودة مخصص للطباعة الفلكسوغرافية. تجنب استخدام فرشاة خشنة لمنع خدش اللوحة. بعد الغسل، جفف اللوحة بقطعة قماش ناعمة وخالية من الوبر، مع الحرص على عدم فركها بشكل متكرر، ثم أغلقها بإحكام لاستخدامها لاحقًا بعد التجفيف. بالنسبة للحبر المائي، يمكن تنظيفه باستخدام منظف سائل قلوي أو محلول تنظيف عالي الجودة مخصص للطباعة الفلكسوغرافية. يُنصح بمسحه برفق بقطعة قماش قطنية ناعمة، وتجنب استخدام فرشاة خشنة لمنع خدش لوحة الطباعة. بعد الغسل، تُجفف لوحة الطباعة بقطعة قماش خالية من الوبر، مع الحرص على عدم فركها بشكل متكرر، ثم تُغلق بإحكام لاستخدامها لاحقًا بعد التجفيف.